El servicio propiedad de Facebook comenzó a utilizar desde 2014 una forma de cifrado de «extremo a extremo» en los mensajes enviados por smartphones con sistema operativo Android. Desde entonces ha expandido su protección a todo tipo de mensajes enviados desde la aplicación con teléfonos Android, iPhones y otros dispositivos.
El cifrado se ha convertido en un tema polémico, pues algunas autoridades advierten que criminales y extremistas pueden utilizarlo para evitar ser rastreados. El cofundador de WhatsApp, Jan Kourm, creció en la Unión Soviética y cree que los consumidores deben contar con una encriptación fácil de utilizar como protección contra hackers, ladrones de identidad y gobiernos «deshonestos».