Entre 1999 y 2005, Flores gobernó con un estilo que la opinión pública interpretó como prepotente y alejado del pueblo. Conocido entre sus amigos como «Paco» o «Paquito», se convirtió en el primer presidente salvadoreño en ser acusado y juzgado por actos de corrupción cometidos durante su mandato.
«El pueblo lo va a recordar por la nefasta dolarización, por la Mano Dura» (para combatir la delincuencia) y por corrupto, eso es lo que nos dejó de Paco Flores», sostuvo Angélica Rivas, que trabaja en el Colectivo Feminista para el Desarrollo Social, una organización no gubernamental que defiende los derechos de las mujeres.
«Ha sido uno de los presidentes peor evaluados», señaló Jeannette Aguilar, del Instituto Universitario de Opinión Pública de la universidad Centroamericana José Simeón Cañas y que dirigió varios estudios para evaluar la gestión de Flores.
«Fue un mandatario que le vio con un estilo prepotente, de mucha soberbia, de poca cercanía hacia la población, que respondió a los intereses de las elites económicas que en ese momento dominaban a Arena», dijo Aguilar, en referencia al derechista partido Alianza Republicana Nacionalista con el que llegó Flores al poder.
Flores estaba acusado de desviar más de 15 millones de dólares donados por el gobierno de Taiwán para ayudar a los damnificados de los terremotos de 2001, un dinero que nunca llegó a las manos de las víctimas.
El exmandatario fue enviado en un principio a los calabozos de la División Antinarcóticos de la Policía Nacional Civil, pero se le concedió arresto domiciliario por sus problemas de salud mientras continuaba el proceso judicial.
Flores padecía una trombosis en una de sus piernas y fue hospitalizado por primera vez el 30 de octubre de 2014. El 22 de diciembre de 2015 volvió a ser hospitalizado de urgencia debido a una hemorragia interna. El domingo 24 de enero de 2016 sufrió un derrame cerebral y estuvo siete días en coma en el hospital privado donde murió.
El Juez Séptimo de Instrucción Miguel Ángel García ordenó en un primer momento que Flores fuera juzgado por el delito de lavado de dinero, pero un tribunal superior anuló la acusación y revocó la orden de detención provisional, por lo que regresó a su casa mientras se programaba la vista pública. La Policía lo custodiaba en su residencia.
El tribunal dictaminó que 10 millones de dólares fueron a parar a cuentas de la Alianza Republicana Nacionalista y el resto del dinero se desvió para beneficio del expresidente.
Flores, nacido en una familia acomodada y conservadora de cariz anticomunista, se unió al derechista Arena, que por 20 años gobernó el país (1989-2009).
Al arribar al poder en 1989, Alfredo Cristiani, el primer presidente de Arena, reclutó a Flores, quien aún no había cumplido los 30 años, para que ocupara el puesto de viceministro de Planificación. A pocos días de estrenarse en el gobierno, un comando guerrillero asesinó a José Antonio Rodríguez Porth, padre de la esposa de Flores desde 1985, Lourdes María Rodríguez.
En su meteórica carrera política ocupó importantes puestos en los gobiernos de Arena. En 1994 fue electo diputado a la Asamblea Legislativa y en 1997, gracias a su fama de político conciliador y moderado, fue elegido presidente de la Asamblea con los votos del exguerrillero Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN).
Ganó las elecciones presidenciales de 1999 superando al candidato del Frente, el excomandante guerrillero Facundo Guardado.
A sus 39 años, Flores se convirtió en el tercer presidente consecutivo de Arena desde 1989.
En 2003, cuando estaba por concluir su mandato y su popularidad había llegado a los niveles más bajos, en un golpe de timón logró remontar su imagen con una campaña mediática centrada en su lucha contra la delincuencia de las maras o pandillas.
El entonces presidente apareció en los medios luciendo la chaqueta de su partido y rodeado por los altos mandos de la fuerza armada y de la policía para anunciar la estrategia de «Mano Dura», diciendo que a los «malacates se les acabó la fiesta». Finalmente, salió del gobierno en 2004 con un alto nivel de popularidad.
Pero la «Mano Dura» y la «Súper Mano Dura» que después impulso su sucesor Antonio Saca (2004-2009), «terminaron complejizando la violencia y duplicando la tasa de homicidios», afirmó la investigadora Aguilar.
«El legado de Francisco Flores en términos políticos, uno de los más prominentes, pero lastimosamente de forma negativa fue la dolarización que sin duda tiene un impacto en los años posteriores en términos de las dinámicas económicas, no solo familiares, sino macroeconómicas», sostiene Aguilar.
Pero según ella, lo más nefasto de su mandato fueron los altos niveles de corrupción y «la legitimación de la Mano Dura y su instrumentalización política justamente con fines electorales», que en opinión de la experta provocó una escalada criminal.
Durante su mandato, Flores tuvo que enfrentar una sucesión de calamidades naturales. Más de mil personas murieron y 200.000 se quedaron sin hogar en los terremotos de enero y febrero de 2001. Después se produjo una sequía que diezmó las cosechas de café.
Los sismos causaron pérdidas económicas por valor de 1.600 millones de dólares, a los que se sumaron los 200 millones perdidos por la sequía en el sector del café.
Pero la indignación de amplios sectores de la población creció al revelarse que Flores había recibido millones de dólares para aliviar la situación de las víctimas, pero desvió el dinero para mejorar las perspectivas electorales de su partido y para su propio beneficio.
Sus amigos y los seguidores de Arena defendieron a capa y espada la inocencia de Flores, pero Teresa Escalante, una humilde ama de casa, recuerda que «lo vi en la televisión decir que había recibo el dinero que lo entregó en saquitos a los destinatarios, él y sus amigos se robaron el dinero de los terremotos».
Sin concretar cantidades, Flores confesó ante una comisión Especial de la Asamblea Legislativa que recibió donativos hechos por Taiwán durante la presidencia de Chen Shuii-Bian.
Los que luchan contra la corrupción y la impunidad en El Salvador aplaudieron que por primera vez se llevara ante la justicia a un expresidente, pero también lamentaron que el proceso no concluyera a tiempo.
«Todo terminó en lo mismo, en nada, es que nuestro sistema de justicia ha sido lento, ha sido obediente a intereses que no obedecen a los intereses de justicia de un pueblo y algunos intentaron ponerlo como la víctima», afirmó el sábado a AP Miguel Montenegro, de la Comisión de Derechos Humanos de El Salvador, tras conocerse la muerte de Flores.