Abe visitó Sapporo, la principal ciudad de la región, donde el terremoto de magnitud 6,6 del jueves provocó derrumbes de casas y agrietó carreteras.
La mayoría de los muertos se registraron en la pequeña localidad rural de Atsuma, donde un conjunto de viviendas quedaron destrozadas por el deslizamiento de una ladera.
También visitó los refugios de evacuación en Atsuma antes de reunirse con el gobernador de Hokkaido, Harumi Takahashi.
La visita del primer ministro se produce mientras continúan las operaciones de búsqueda y rescate para encontrar a dos personas todavía desaparecidas.
Tras su visita, Abe volvió a Tokio para asistir a un consejo extraordinario de ministros que debe otorgar 540 millones de yenes (4,2 millones de euros) de ayuda a la región afectada.
Abe anunció un nuevo balance de 42 muertos, según medios japoneses, aunque las autoridades locales citaban este domingo por la noche 29 muertos y un desaparecido.
«Hay lluvias intermitentes en Atsuma. Las labores continúan para buscar a las personas desaparecidas», dijo a la AFP un funcionario regional de gestión de desastres.
El gobierno central desplegó miles de efectivos de rescate, incluidas las Fuerzas de Autodefensa, para buscar a los desaparecidos con la ayuda de excavadoras, perros y helicópteros.
El sismo del jueves fue el último desastre natural ocurrido en el país en las últimas semanas, tras el tifón más potente que golpeó Japón en un cuarto de siglo, que mató a 11 personas y obligó a cerrar el principal aeropuerto regional.
El archipiélago se encuentra en el Anillo de Fuego del Pacífico, donde se registran gran parte de los sismos y erupciones volcánicas del mundo.